La Garde Pontificale, ne fut pas une armée d'opérette et porta son rôle de protection du Vatican durant la seconde Guerre Mondiale. Pie XII y camoufla même quelques juifs italiens, Au total, ce sont quelques milliers de juifs qui ont été recueillis au Vatican, à Castel-Gandolfo et dans des communautés religieuses, dont un petit nombre intégrés (discrètement) au corps des Gardes Pontificaux.
En 1943 l'armée allemande envahit l'Italie, occupe Rome le 10 septembre et s'arrête aux portes du Vatican.
Peu de personnes savent que Pie XII avait été informé au printemps 1943 que Adolf Hitler, très mécontent de son soutien, très discret mais cependant assez efficace, envers les Juifs persécutés en Europe par les troupes allemandes d'occupation, envisageait une action violente contre lui. Aussi, il a rédigé une lettre secrète de démission, remise à trois cardinaux de pays neutres hors d'Europe, leur demandant de la rendre publique dès qu'ils apprendraient son enlèvement par les troupes allemandes, et de convoquer immédiatement un conclave dans un pays libre pour élire son successeur. Ainsi les Allemands n'auraient fait prisonnier que l'évêque de Rome, et non le pape...
Soldats de la Wehrmacht saluant un Garde Suisse à l'entrée du VaticanTrès peu de temps après les troupes allemandes, mécontentes du renversement des alliances de l'Italie de côté des Alliés, ont envahi le Nord de l'Italie. Le 10 septembre 1943 la Wehrmacht atteint Rome et arrive devant la place Saint-Pierre. Pie XII avait fait savoir à son entourage qu'il comptait se livrer aux troupes allemandes pour éviter un bain de sang au Vatican. Le commandant des gardes suisses, prit cependant l'initiative de leur demander de sortir avec leurs hallebardes et de bloquer symboliquement la frontière du Vatican.
Les gardes suisses firent donc courageusement face aux auto-mitrailleuses de la Wehrmacht. Ce geste surprit le général allemand qui les commandait et qui, par prudence, arrêta ses troupes et voulu se couvrir en contactant par radio (le) Maréchal Albert Kesselring commandant en chef des troupes allemandes en Italie : « Monsieur le Maréchal, devons-nous oui ou non entrer au Vatican ? ». Le Maréchal Kesselring jugea la question trop délicate pour être tranchée par lui et contacta à Berlin, le général Alfred Jold, chef d'État-major de toutes les forces armées allemandes, bras droit d' Adolf Hitler. Celui-ci refusa également de se prononcer et fit remonter la question au Führer lui-même. Celui-ci, après avoir interrogé son ministre des Affaires Étrangères Joachim von Ribbentrop qui lui fit valoir que de porter la main sur la personne du pape lui vaudrait immédiatement la perte de tous les soutiens de l'Allemagne dans les pays d'Amérique centrale et du sud (dont beaucoup étaient encore neutres dans le conflit mondial), donna finalement l'ordre suivant « Nos troupes n'entrent pas au Vatican ! ». Depuis la fenêtre de ses appartements Pie XII vit ce spectacle incroyable : l'armée allemande faire demi-tour face aux gardes suisses avec leurs hallebardes. Un cas unique dans la Seconde Guerre Mondiale.
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